A arara-azul-e-amarela está classificada como “Pouco Preocupante” pela UICN devido à sua grande distribuição geográfica. Estima-se que as populações excedam 10.000 araras adultas, mas é evidente um declínio populacional nos últimos 10 anos.
As araras e os papagaios são dos animais mais traficados ilegalmente. Na Amazónia peruana, mais de 1,9 milhões de animais foram exportados legalmente entre 1965 e 1973. O comércio e captura destes animais foram proibidos em 1973, no entanto, o tráfico continua, sendo a arara-azul-e-amarela uma das espécies mais procuradas.
A degradação do habitat devido à poluição, ao desenvolvimento e ao abate de árvores está também a afetar as populações de araras-azuis-e-amarelas.