A arara-azul-e-amarela é considerada como “Pouco Preocupante” pela IUCN devido à sua grande distribuição geográfica. Estima-se que as populações excedam 10.000 araras adultas, mas é evidente um declínio nos últimos 10 anos.
As araras e os papagaios são dos animais mais traficados ilegalmente. Na Amazónia peruana, mais de 1,9 milhões de animais foram exportados legalmente entre 1965 e 1973, representando os papagaios 39% desse comércio. O comércio e captura estão proibidos desde 1973, mas o tráfico continua. A arara-azul-e-amarela é uma das mais procuradas.
A degradação do habitat devido à poluição, ao desenvolvimento e ao abate de árvores está também a afetar as populações de araras-azuis-e-amarelas.